Este departamento es fundamental y el más representativo del proyecto educativo a la vez. Así, la vocación cristiana del Yire Liceo Politécnico de Coihueco rotundamente modela el ideario y accionar pedagógico de la institución, pero a la vez no totaliza la capacidad de incidencia que poseen los fundamentos pedagógicos descritos en el capítulo anterior. Es por eso que el sello adquiere más de un significado, pues refleja los principios fundantes de la institución, e intenta hacer tangible y aplicable la educación cristiana en el contexto educativo tanto de Coihueco, como nacional.

El área de Capellanía está conformada por Capellán  Patricio Hernández, tiene la responsabilidad del diseño, planificación, implementación y evaluación de los diversos procesos y experiencias formativas vinculadas, fundamentalmente, al desarrollo de las dimensiones espiritual – religioso-social, comunitario, de los diversos actores que constituyen la Comunidad Educativa, en especial de los estudiantes.